花粉细胞破壁机的工作方式为高加速度冲击+剪切，物料在双向复合力的作用下压缩撕裂破碎，该破壁作用力的大小不受物料质量的影响，对于质量小的物料一样受到大作用力。
　　
　　采用花粉破壁机破壁纤维性物料时，由于受到强烈的压缩撕裂作用力，易于破坏组织结构及纤维，使组织结构内部的水份（包括结晶水）、油份、挥发份、气体被挤出，减少组织内部空隙率，使物料密实度增加。
　　
　　由于组织结构内部的物质被挤出并吸附在组织碎片的表面，使粒子的粘性增大，在强烈的压缩撕裂作用力下，粒子被不断揉捏撕扯，吸附在组织结构表面的物质随之相互迁移，促使油性成份与水性成份在“生物表面活性剂”（一般生物组织内均含具有表面活性的物质，如皂甙、蛋白质等）的作用下形成乳化组合。
　　
　　在该作用的同时，随着组织结构在破壁过程中的不断破坏及细化，在压缩、揉捏、撕裂的作用下，通过组织内部迁移物质的粘性作用，使被细化的不同组织结构碎片不断形成新的组合，我们称之为“精密复合化”。
　　                                                              
　　花粉细胞破壁机通过打破动（植）物类药材细胞壁（膜），来达到提高生物利用度的破壁作业称为中药细胞破壁。中药材绝大多数品种来自于动（植）物，动（植）物等药材是由多种功能的细胞组成。
　　
　　细胞由细胞壁、细胞膜、细胞质、细胞核等组成，粒径一般在10μm—100μm，而药用有效成份主要存在于细胞质、细胞核之内。细胞完整无损的状态下，有效成份只有通过细胞膜、细胞壁释放出后才能被利用。
　　
　　细胞破壁机这种作业并不以细度为目的，细度仅作为一种宏观的检测手段，无法表达药材粉末的真实的情况。一般来说细胞的破壁率越高其细度越细。细胞经花粉细胞破壁机破壁后细胞内的有效成份充分暴露出来（而不是以往的通过细胞壁［膜］释放），使药物起效更加迅速、完全。