超微粉碎技术虽然优势明显，但也存在一定问题。粉碎中药粒径虽然可以不断减小，但药物的溶解度和溶解速度却不会无限制地增大。
　　
　　当粒度小到一定程度时表面能因素就显露出来，且过细的粒子吸湿性强，易吸附空气中的电荷，导致分装剂量不能保持稳定性和准确性，增加药物存放难度。
　　
　　超微粉碎并不是适合所有中药，对于挥发性组分含量较多的药材，粉碎时挥发性组分易挥发损失，粉碎粒度需进一步研究。对于含毒性组分的药材，其毒性成分的溶出率应作为一个重要的检测指标，探究合适的超微粉粒径，保证有效组分的溶出率大，同时毒性组分的溶出率小，但目前对此类药物的毒理研究较少。
　　                                                                               
　　超微粉碎作为一种新型的中药饮片形式，其特性和应用已得到了广泛研究。超微粉碎技术使中药材粒径微纳化，这种细胞级的破壁技术让中药的有效成分能够更充分的析出，大大提高中药的生物利用率，减少药材浪费，对缓解中药材相对缺乏、道地药材稀缺的境况有十分重要的现实意义。
　　
　　中药超微粉与传统中药的各种剂型相结合，以新兴技术配合经典疗法，以传统之形，展现代之效，使中医药的疗效随着中药超微粉的研究与应用得到有效的提高。
　　
　　超微粉碎的发展和应用前景十分广阔，如今虽然研究广泛，但要更多的指导和服务临床，还需要更进一步的发掘，在充分研究超微粉碎中药的药理毒理基础上，建立起一套完整的质量管理和标准化应用体系。