作为近20年迅速发展起来的一项高新技术，超微粉碎技术在中药行业的应用拓展了中药的应用和疗效的发挥，但是，不得不承认超微技术还没有发展到一个完善的阶段，这跟中药物种性质的复杂性和粉碎技术的革新性都有关系。
　　
　　超微技术在中药应用中面临的问题：
　　
　　1、超微粉碎后的中药缺乏可控指标、药效学和药理学都需深入研究：其研究主要限于动物实验或体外溶出度实验。从药代动力学角度研究的少，药物毒副作用的角度研究不系统，药理作用的研究尚需深入；如药物粉碎到什么粒径时，既能达到理想的疗效，同时又不产生新的不良反应。
　                                                    　
　　2、超微粉碎后的中药在体内检测需加紧进行：由于中药超微制剂溶出度大，有效成分和其他成分的溶出同时增加，微米中药颗粒十分小，是否会黏附在胃肠黏膜上，影响胃肠的酶的活性、离子通道、胃肠激素分泌、黏膜吸收等。超微粉碎技术粉碎后细胞内的活性成分是否会发生化学变化，如：蒲公英经过超粉粉碎后，其薄层色谱鉴别发生明显的改变。
　　
　　3、某些生产尚未规范化、质量检测尚未标准化：由于缺少严格的质量检测标准，中药超微粉碎的研究大多都还在实验室进行，此技术投入大规模生产，还需要一段时间。多数复方制剂及单方的有效物质基础尚不清楚，中药产品缺乏一致的疗效评价标准。
　　
　　中药经过超微粉碎后，减少中药资源的浪费，原药材的提取率明显提高，同时可直接运用于很多新剂型的研制。但并不是每一味中药都适合做超微粉碎技术，如挥发性成分较多、黏液质、含淀粉的药材就不适合做超微粉碎。